데스티니 가디언즈에서는 캠페인 따라가며 미션을 완료하고 성장을 진행할 수 있다. 농장에 도착하면 이후 캠페인 붉은 전쟁 따라가면서 주어지는 세부 미션을 달성하면 된다. 성장의 기본은 캠페인 진행이라고 볼 수 있다.

캠페인 외에도 즐길 수 있는 미션들이 준비되어 있다. 모험과 공개 이벤트 진행 시 장비나 업그레이드 포인트 등을 획득할 수 있다. 또한, 캠페인 클리어 시에는 왕관이 그려진 파란색 아이콘으로 퀘스트가 활성화되고 이를 진행해 보상을 받는 것도 가능하다.

농장에 도착한 이후에는 캠페인 붉은 전쟁을 따라가며 성장을 도모하면 된다. 여러 행성을 다니며 진행하는 대규모 스토리로, 농장 이후 지구로 이어지게 된다. 기본적으로 초반에는 갈 수 있는 지역이 한정적이고 성장 또한 부족한 수준이기에, 캠페인을 진행하며 캐릭터를 육성하게 된다. 또한, 이를 바탕으로 게임 속 이야기를 확인할 수 있다.

항해도를 연 뒤, 지구를 클릭하면 캠페인을 이어갈 수 있다. 캠페인은 지도 내에서 붉은색 방패 모양의 아이콘으로 확인 가능하다. 하나의 캠페인을 완료하면 명상이 해금되어 세부 미션을 무작위로 즐길 수 있다는 점도 특징이다.

붉은 전쟁은 총 17개의 미션으로 구성되어 있다. 귀향부터 선택받은 자까지 이어진다. 이후 오시리스의 저주, 전쟁 지능의 캠페인도 진행 가능하다. 해당 캠페인들도 마찬가지로 하위 미션을 가지고 있다.

캠페인 외에도 데스티니 가디언즈에서는 다양한 미션들을 만나볼 수 있다. 대표적인 것이 모험과 공개 이벤트로 비교적 저레벨 단계에서도 확인이 가능하다. 모험은 특정 아이템과의 상호작용을 통해 시작할 수 있는데, 지도에서는 칼이 새겨진 주황색 방패 모양 아이콘으로 확인 가능하다. 보상으로는 장비, 업그레이드 포인트 등이 마련되어 있다.

공개 이벤트는 시간에 따라 특정 지역에 활성화된다. 시간 내에 입장한 후 플레이하면 기어 등의 보상을 획득할 수 있다. 지도에서는 청색 마름모 형태의 아이콘이 이에 해당한다.

이와 별개로, 메인 스토리를 클리어하면 지도 상에 왕관이 그려져있는 파란색 아이콘이 생성된다. 이는 퀘스트로, 다른 미션에 비해 높은 난이도를 보이는 경우가 대부분이다. 요구되는 전투력 조건도 높은 편이며, 완료 시 보상으로 토큰 등의 아이템 보상을 획득할 수 있다. 경이 장비를 얻을 수 있는 시작점이 되기도 한다.